L'ASD Aesernia nasce nel 2004/2005 da un'idea del presidente Primio Vacca che decide di fondare la nuovo società partendo dal campionato di serie C2 che la FIGC Molise organizza per la prima volta.
La direzione tecnica della squadra è affidata all'attuale presidente Antonio Di Franco e l' Aesernia al suo primo tentativo vince il torneo davanti al Pietrabbondante e viene promossa in C1.
Alla guida dei biancocelesti nella stagione 2005/2006 arriva Fausto Scarpitti, l'anno precedente sulla panchina del Frosolone e con lui tanti ex della vecchia Fraterna che negli anni addietro era stata grande protagonista della C1 regionale. Il primo anno in C1 è ricco di soddisfazioni, spicca tra le tante la vittoria in trasferta nel derby contro l'isernia calcio a 5 che in quella stagione vincerà il campionato. Il campionato termina con un soddisfacente 9° posto.
L'anno successivo, 2006/2007, vede ancora qualche cambiamento in casa Aesernia con tanti arrivi sempre dalla vecchia guardia e, sempre con Scarpitti in panchina, nonostante un campionato non eccezionale terminato al 10° posto , arriva la finalissima di Coppa Italia che purtroppo vede sconfitta la formazione per 7-2 dall'Arcadia.
L'anno successivo è un anno di transizione con la salvezza che arriva alle ultime giornate dopo aver sfiorato anche i playoff a metà stagione, ma l'anno delle soddisfazioni è il 2008/2009 con l'Aesernia che, dopo una splendida annata, si classifica al 5° posto ad accede ai playoff dove supera a tavolino in semifinale il Termoli e va a giocarsi la finalissima a Cercemaggiore contro il Cima Uno dove esce sconfitta per 6-2 dai campobassni. Si tratta comunque di un grande risultato ottenuto con tutti gli elementi che a partire dal 1999 si sono alternati con la maglia della Fraterna prima e dell'Aesernia poi. Si tratta comunque della fine di un ciclo con la società che riparte praticamente da zero con un nuovo allenatore, Silvio Spidalieri, nuovi giocatori come Eliseo, Pompeo, Piacci e Sala e con l'obiettivo di vincere i playoff regionali.
La stagione inizialmente è un pò travagliata soprattutto nella prima parte, ma a partire da gennaio con l'arrivo di Matticoli sulla panchina e di Tomeo e Matrunola, acquisti dicembrini, i biancocelesti spiccano il volo arrivando al quarto posto in classifica che vale la qualificazione ai playoff.
In semifinale l'Aesernia supera la Chaminade vincendo 5-2 in casa e perdendo 2-1 in esterno, mentre in finalissima arriva la vittoria al cardiopalma sul Bonefro per 3-2 dopo i supplementari sempre sul neutro di Cercemaggiore.
Nella fase nazionale si affrontano formazioni troppo forti e si esce al primo turno contro il Real Mola e l'Atletico Potenza. Nel contempo l'Aesernia vince anche il campionato di C2 con la squadra riserve formata da tutta la vecchia guardia e da qualche giovane di belle speranze.
L'anno successivo, ovvero il 2010/2011, il Presidente Di Franco allestisce una corazzata acquisendo le prestazioni di giocatori del calibro di Marro, Passarelli, Peluso, Bellomo, Lombardi, affidando la squadra al campobassano Antonio Giarrusso, ma se in coppa si viaggia a vele spiegate fino alle semifinali, i risultati in campionato stentano ad arrivare e a dicembre, ancora un volta, dopo gli addii di Lombardi e Bellomo c'è ancora un cambio tecnico con Fausto Scarpitti che sostituisce Giarrusso ritrovando la sua squadra a distanza di due anni.
Anche questa volta l'Aesernia cambia marcia: il 6 gennaio 2011 vince la coppa Italia regionale nella finalissima contro il Bonefro, in campionato totalizza 13 vittorie ed un pari nei quindici incontri del girone di ritorno che valgono il secondo posto a pari merito con il Bonefro e il 15 maggio arriva anche la vittoria nei playoff regionali nella finale di Campobasso (la terza consecutiva, record molisano) per 3-2 dopo i tempi supplementari sul Pietrabbondante. La vittoria dei playoff regionali vale ancora una volta l'accesso ai playoff nazionali e qui l'Aesernia entra nella storia del calcio a 5 molisano battendo nel girone L'Aquila e i fortissimi romani del Prato Rinaldo in esterno e qualificandosi al doppio confronto di finale nazionale contro il Pisa, traguardo mai raggiunto da alcuna squadra molisana. L'Aesernia pareggia 6-6 in casa contro i toscani e viene battuta per 3-2 nel finale a Pisa.